馬英九基金會日前發出新聞稿，指稱將針對前執行長蕭旭岑「嚴重違反財政紀律情事」委請律師送請司法機關深入調查。對此，國民黨副主席蕭旭岑今日上午嚴正駁斥，強調其任職期間從未經手基金會款項，質疑何來財政紀律問題，並要求基金會董事會應深入了解事件始末，以還其公道。此波爭議不僅涉及馬英九基金會內部運作，亦牽動蕭旭岑個人清白與兩岸交流工作的性質，引發外界高度關注。
馬英九基金會指控與蕭旭岑的回應
馬英九基金會近期聲明，前總統馬英九日前已明確指出，前基金會執行長蕭旭岑與「前員工」王光慈的言行不能代表馬英九立場。隨後，基金會進一步發布新聞稿，揚言將針對嚴重違反財政紀律情事，委請律師啟動司法調查。蕭旭岑對此表示極度不解，強調他從未經手任何基金會金錢，因此對於「財政紀律」的指控感到非常好奇。他進一步指出，據其了解，目前基金會執行長戴遐齡的任命尚未經董事會正式通過，期盼董事會能深入調查，釐清事實真相。
針對媒體報導匿名人士指稱他在馬英九基金會的薪水「高得令人咋舌」，蕭旭岑回應此說法「很可笑」。他解釋，自2019年1月任職以來，其薪資待遇是經馬英九親口允諾，絕不低於其過去在總統府任職的待遇，且至今未曾變動。他認為所謂的「令人咋舌」僅是爆料者的個人觀感。此外，對於基金會聲明稿將王光慈貶低為「前員工」，蕭旭岑感到不解且「非常可笑」，他強調所有的人事安排，包括他於今年2月24日辭去執行長職務後由王光慈接任執行長，以及他本人繼續擔任首席執行長協助業務，都已獲得董事會與馬英九的同意。
兩岸交流與人事風波的背景補充
關於外傳馬英九基金會辦公室在2月25日發生衝突，蕭旭岑表示不願贅述細節，但他與王光慈的請辭，是基於保護馬英九，並不代表他們有任何不法行為，也不容有心人士無限上綱攻擊。他提到，馬英九基金會本週五即將召開董事會，既然媒體報導馬英九已掌握相關資訊，他希望董事會成員能直接向馬英九請教，以讓真相大白。
對於媒體詢問外傳金溥聰介入此次馬英九基金會人事風波，蕭旭岑表示無法回答，僅強調金溥聰曾是他的長官，「凡事留一線」，並建議媒體應向金溥聰本人求證。至於媒體報導「有人」近年以馬英九辦公室名義在中國「做一些事」令「馬總統深感不妥」的質疑，蕭旭岑鄭重澄清，他這幾年來主要從事兩岸青年交流工作，此類交流完全不涉及任何利益，這也符合馬英九的理念。他譴責有人試圖以「波髒水」的方式破壞兩岸交流，並表示任何汙衊其人格聲譽者，未來都將採取法律行動，捍衛清白到底。蕭旭岑強調，許多不分黨派的朋友都相信他的為人與清白，他先前未積極回應是為避免影響國民黨與黨主席鄭麗文，並表示永遠感謝馬英九的栽培與恩情，即使遭受誤解也願維護馬英九與家人，但這不代表有人可以藉此惡意抹黑、打擊他，甚至影響兩岸關係與國民黨的發展。